Il Museo Lia è sorto nel 1996 in seguito alla donazione al Comune della Spezia di opere d'arte antica, medievale e moderna da parte dell'ing. Amedeo Lia. Il museo, allestito nel complesso seicentesco già sede conventuale dei frati di san Francesco di Paola (i "paolotti"), presenta collezioni di altissimo livello tra le quali spicca quella dei dipinti con quadri su tavola del XIV e XV secolo e opere di pittori come Tiziano, Canaletto e Pontormo.
Nello spazio ricavato dall'antica chiesa sono esposti oggetti a carattere religioso o allegorico, avori, smalti, croci processionali, suppellettili liturgiche affiancate da una straordinaria collezione di manoscritti miniati e dalla raffigurazione di dodici mesi proveniente da una vetrata gotica. Ai piani superiori sono ospitate collezioni di reperti archeologici in marmo, bronzo e vetro, maioliche rinascimentali, vetri veneziani, coralli e cristalli di rocca intagliati, statue in bronzo e gioielli.
Nella Palazzina delle Arti, una costruzione neogotica attigua al museo Lia, ha sede il Museo del Sigillo (da ottobre 2000), nato grazie alla donazione, da parte dei coniugi Lilian ed Euro Capellini, della più completa ed unica collezione esistente al mondo di sigilli che sia mai stata riunita da privati. Il museo espone 1.500 esemplari databili dalla fine del IV millennio a.C. sino agli anni Trenta del XX secolo provenienti da aree geografiche diverse con estreme varietà tipologiche di materiale e funzione. I sigilli presenti in collezione consentono di ripercorrere la loro storia con un susseguirsi di stili che vanno dai cilindri mesopotamici in steatite agli scarabei dell'Egitto faraonico, dagli avori e dalle giade della Cina imperiale all'oro, all'argento, alle pietre preziose dell'Ottocento europeo.
Il Castello di San Giorgio, che domina dall'alto la città, è considerato il monumento più significativo dell'antica Spezia; un primo nucleo fu costruito attorno alla seconda metà del XIV secolo ma le successive modifiche e gli adeguamenti delle opere di difesa alle nuove tecniche d'assedio hanno formato, lungo i secoli, una struttura complessa e potente che rispecchia le tecniche architettoniche militari dei secoli XVI e XVII. Recentemente ristrutturato dopo decenni di abbandono, il castello ospita (da giugno 2000) le Collezioni archeologiche del Museo Civico "Ubaldo Formentini” esponendo reperti provenienti da tutta la Lunigiana. Sono di particolare interesse i diciannove originali di statue stele dalla Val di Magra, databili dall'Eneolitico all'età del ferro, e la cospicua raccolta di materiali dalla città romana di Luni tra i quali spiccano pregevoli marmi e rarissime opere in bronzo.
Il Museo Etnografico della Spezia, formatosi alla fine dell’Ottocento e inaugurato ufficialmente nel 1906, è oggi intitolato a Giovanni Podenzana (La Spezia 1864- Brugnato 1943), musicista, etnografo, naturalista e primo Conservatore dei Musei Civici della città.
Nei decenni le sue collezioni di etnografia della Lunigiana e delle culture primitive extraeuropee hanno avuto diverse sedi; attualmente sono ospitate nell’edificio quattrocentesco dell’ex Oratorio di San Bernardino, sede che il Museo condivide con le Raccolte di Arte Sacra del Museo Diocesano.
Gli oltre 3500 oggetti di etno-antropologia raccolti tra la fine dell'800 e i primi del '900 riguardano le tradizioni e gli usi delle comunità lunigianesi (dal XVIII al XX secolo) e le culture native di Oceania, Nuova Guinea, Americhe, Cina, Giappone e Africa (XIX secolo). Formatasi alla fine dell'800 in pieno positivismo all'interno dei "Musei Civici" della Spezia, la grande raccolta etnoantropologica accoglieva anche una sezione naturalistica locale ed extraeuropea, una sezione storica-risorgimentale e una sezione di antropologia fisica. Considerata una delle più importanti d'Italia per tipologia e varietà di materiali, propone oggi al pubblico un rinnovato percorso espositivo, con una visione sintetica ma documentata della società rurale della Lunigiana storica, delle sue tradizioni orali, delle ritualità magico-protettive e del suo abbigliamento, approfondito attraverso una importante sezione dedicata ai costumi e alla tessitura al telaio.
Il CAMeC, Centro d'Arte Moderna e Contemporanea, nasce il 23 maggio 2004 per consegnare alla città ed ospitare in una sede adeguata i considerevoli fondi artistici provenienti dalle edizioni del Premio del Golfo e dalle donazioni Cozzani e Battolini. Fin dall’apertura, all’esposizione delle raccolte permanenti si affianca la realizzazione di mostre che documentino i diversi ambiti della produzione attuale o del contemporaneo storico. Ricordiamo le grandi mostre dedicate a Jean Tinguely e Bruno Munari, Fausto Melotti, Michelangelo Pistoletto e Cittadellarte, Concetto Pozzati, Enrico Baj; le ricognizioni dedicate alla giovane produzione italiana e internazionale (svizzera, tedesca, cinese); l’approfondimento di correnti ed eventi del ‘900 in collaborazione con altre realtà museali; le digressioni monografiche di grande rilievo. Moltissimi gli autori per i quali è stato concepito un progetto espositivo originale: fra gli altri Marco Gastini, Renato Ranaldi, Din Matamoro, Bizhan Bassiri, Jan Dibbets, Romano Rizzato, Diet Sayler, Enrico Paulucci, Paolo Icaro, Giovanni Campus, Edith Schloss, Omar Galliani, Walter Valentini egli spezzini Mauro Manfredi, Francesco Vaccarone, Giuliano Tomaino, Marco Casentini, Gianluca Lerici - prof. Bad Trip, Angelo Prini.
Oltre ad ospitare dibattiti e giornate di studio e a registrare in senso più generale la cultura dell’oggi, il CAMeC possiede un dipartimento didattico che propone attività di educazione all’arte, rivolta sia alle istituzioni scolastiche, sia al pubblico generico. Unico caso fra i musei cittadini, organizza percorsi e laboratori di arte-terapia.
Sorto nel 1870 nell'Arsenale Militare voluto dal generale Domenico Chiodo e dal conte di Cavour, il Museo Navale raccoglie la storia della marineria dalle origini ai giorni nostri. Modelli accurati illustrano le tecniche di costruzione di navi greche, romane, medievali ma anche di modernissime unità della nostra Marina. Importantissima è la raccolta di cimeli originali: i mezzi d'assalto, i famosi "maiali", i commoventi resti del sommergibile "Scirè", le apparecchiature radio sperimentate nel 1897 da Guglielmo Marconi si affiancano ad una splendida raccolta di polene, le sculture raffiguranti personaggi storici o mitologici, animali fantastici o figure femminili che avevano il compito di ornare le prue delle antiche navi.